La FMRH a une présidence et une vice-présidence tournante entre chaque pays, le secrétariat générale étant assuré par la France. Pour 2011, c’est l’Italie qui est présidente et l’Algérie vice-présidente.

La FMRH réunit ses instances deux fois par an, un Conseil d’Administration au 1er semestre, un Conseil d’Administration et une Assemblée Générale au 2ème semestre, généralement dans le pays qui prendra la présidence l’année suivante. Un règlement intérieur régit la vie de l’association.